実はシネマ秘宝館さんでもよく3Dの上映をされる事があります。
私も3Dに魅力を感じる人間の一人として、最近3Dデジカメを購入しました。
アナグリフの動画をWebで公開するのに、何でエンコードするのがいいのか悩んだ結果、現在は以下のようにしています。

1. ステレオムービーメーカーで無圧縮AVI保存。
2. iPod Video Converterを起動。
3. Target Device = "iPod Touch/Phone"を選択。
4. Profile = "High Quality"を選択。
5. Bitrate(kbps) = "2000"を選択。
6. 1で作成したAVIをコンバート。

以上がそこそこ手間が少なくて、小さくて綺麗な動画を作るには良い方法かと思いました。
ちょうど良いサイズがオプションにないので、左右に黒帯がつく"480x320"にしたり、30fpsが選べないので29.97fpsにしたりと、妥協はしています。
まあフリーのソフトですので割り切って使っています。

上記の方法でエンコードした動画を以下にアップしてあります。
→今夜もフリーダム･ナイト第25回： 3D動画「列車の到着」

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最近観た演劇：
　「湘南台爆走族」（しもきた空間リバティ）